Habsburg Ottó Európa egyik legrégibb uralkodó dinasztiájának tagjaként született 1912. november 20-án az alsó-ausztriai Reichenau melletti Wartholz villában. Születésekor a trónöröklés sorrendjében a negyedik helyen állt. Keresztapja I. Ferenc József osztrák császár és magyar király volt, akinek temetésén kisgyermekként részt vett Bécsben, 1916. november 30-án. Édesapja, IV.