A Levéltár vezetője a főigazgató, aki az intézmény működéséért egyszemélyben felelős.
A főigazgatót a jogszabályokban meghatározott feltételek szerint a nemzeti kulturális örökség minisztere bízza meg munkaköre ellátásával és gyakorolja felette a munkáltatói jogokat.

A főigazgató feladatai:
- ellátja a Levéltár képviseletét,
- gyakorolja a Levéltár közép- és felső közalkalmazotti osztályba tartozó alkalmazottaival kapcsolatos munkáltatói jogokat,
- felelős a Levéltár működésének biztonságáért,
- ellenőrzi a Levéltár költségvetési és egyéb pénzeszközeinek, valamint va¬gyontárgyainak a hatályos jogszabályokban előírt módon történő célszerű felhasználását,
- felügyeli a Levéltár alkalmazottai szakmai továbbképzését,
- gondoskodik a Levéltár éves munkatervének összeállításáról és ellenőrzi annak végrehajtását,
a levéltárfenntartónak évente beszámol a Levéltár működéséről,
- irányítja a Levéltár nemzetközi kapcsolatainak kiépítését és fejlesztését,
- biztosítja a munkavállalói érdekképviseleti szervezetek és az intézményi Közalkalmazotti Tanács jogszabályban meghatározott működési feltételeit
- ellátja a XI. Könyvtár, a XII. Gazdasági Hivatal, a főigazgatói titkárság és a biztonsági főmegbízott közvetlen felügyeletét,
- külön jogszabály alapján ellátja a NKÖM Levéltári Kollégiuma elnöki tisztét, gondoskodik a Kollégium működéséről