A második világháború során, Budapest ostromában a Magyar Országos Levéltár súlyos károkat szenvedett el, épületében és őrzött iratanyagában egyaránt. Megsérült a fűtésrendszer kéménye, a Torony is, amelynek újjáépítése vagy visszabontása újjáélesztette a szükségességéről szóló korábbi vitákat. A helyreállítás költségei miatt végül 1945 nyarának végén lerobbantották, ezzel az épület korábbi arculata jelentősen átalakult.