A történetkutatás sokat foglalkozott Bottyán János személyével, a vele kapcsolatos szakirodalom könyvtárnyi anyagot halmozott fel. Mégis sok olyan, máig megválaszolatlan kérdés maradt, amire a további kutatások adhatnak választ. Ilyenek például Bottyán származására, születési helyére, idejére, iskoláira, házasságára, életének főleg az esztergomi letelepedését megelőző időszakára vonatkozó fehér foltjai.