A szabadságharc bukása után a bécsi kormány a kíméletlen elnyomás politikáját vezette be Magyarország egész területén. A neoabszolutista uralom első tisztviselője Szűcs Sámuel helyettes királyi biztos volt, akit alig egy hónapnyi regnálása után Stachó János kormánybiztos váltott fel. Stachó 1850 nyaráig vitte a hivatalt, majd őt Zsitvay József követte. Zsitvay Békés megye mellett Csanád megye kormánybiztosa is volt. A kormánybiztos székhelyül Gyula városát választotta. 1851. február 21-én helytartósági tanácsossá nevezték ki. Hivatalát Békésben Bonyhády Gyula, Csanád megyében Nábráczky Antal vette át. Mindkettőjüket megyefőnöki címmel ruházták fel. Bonyhádyt 1851. március 21-én nevezték ki, hivatalát április 13-án foglalta el.

1853. január 10-én egyesítették Békés és Csanád megyét. A megyefőnök 1856. márciusáig Bonyhády Gyula maradt. Ezt követően Torkos Kálmánt nevezték ki, aki 1860. novemberéig intézte az egyesített megyék ügyeit. 1860. november 18-án az uralkodó, Ferenc József báró Wenckheim Bélát nevezte ki főispánná, akinek beiktatására december 10-én került sor.

A korszak jellemzője az erős központosítás, a tisztviselők, a községek, a lakosság szigorú ellenőrzése. A megyefőnökök a politikai, az igazságszolgáltatási és az adóügyi közigazgatási teendőket egyaránt ellátták. Hatóságuk alá tartoztak a városok, a járások, élükön a cs. kir. szolgabírákkal. Az iratanyagban tömegével fordulnak elő a szabadságharc exponált vezetőinek és a volt honvédeknek körözései, a néphangulatra vonatkozó jelentések. Mivel az államhatalom helyi szervei az emberek minden lépését, megnyilvánulását figyelték, számos engedély és nyilvántartás (utazási, fegyvertartási engedélyek, vándorkönyvek, házaló könyvek) maradt fenn az utókorra.

A korszak iratai csaknem teljes épségben megmaradtak, csak mintegy nyolc-tíz százalékuk hiányzik az időközi selejtezések miatt. 1854-től kezdődően a német nyelv használata csaknem kizárólagos.

A fond két állagra tagolódik. Az a) állagban az elnöki iratok találhatók, amelyek két sorozatot alkotnak. Az elnöki iratokból már a keletkezésük időszakában kiemelték a bizalmas jellegű, külön indexelt, saját mutatóval ellátott dokumentumokat (Normalien). A kétdoboznyi bizalmas iratot 67 doboz terjedelmű egyéb elnöki iratok követik. Kutatásukhoz iktató- és mutatókönyvek egyaránt rendelkezésre állnak.

A b) állagban 333 doboz őrzi a megyefőnöki hivatal általános közigazgatási dokumentumait. Az iratanyaghoz jól áttekinthető segédkönyvek (iktatók és mutatók) állnak rendelkezésre. Az iratok kezelési rendszere az adott időszakban többször változott. Először egyszerű sorszámos, majd tárgyi csoportosítás szerinti törzsszámos (Stammzahl), végül 1860-ban római számokkal és A–H betűjelekkel ellátott, kútfők szerinti irattározás szerint kezelték az iratokat. Mivel az 1860. évből nem maradt fenn segédkönyv, amely az iktatószámok kútfőbe sorolását mutatja, a fondhoz készült raktári jegyzék közli a kútfők jelzetének feloldását.